Precis som inom många andra religioner, organisationer och politiska ideologier har det även inom frimurarrörelsen förekommit konflikter och olika inriktningar. Det första uppbrottet från den då enda och huvudsakliga frimurarlogen i London kom i mitten av 1700-talet, 1751 för att vara mer exakt. Då hade Premier Grand Lodge, som den kallades (och som bildades då fyra Londonbaserade loger slog sig ihop), bara existerat drygt 30 år. Uppbrottet bestod i att irländska frimurare grundade en rivaliserande storloge i London, som de kallade Ancient Grand Lodge. Dessa frimurare kallade sig Ancients, som en kontrast mot frimurarna i Premier Grand Lodge, som kallade sig Moderns. Moderns hade sedan 1723 antagit den inställningen att frimureriet borde sträva mot religiös tolerans, och att deras orden skulle vara öppen för alla män som trodde på ett högre väsen, oavsett vilken religion de bekände till. De irländska frimurarna ansåg att Moderns i och med detta höll på att avskaffa den kristna karaktär som frimureriet haft sedan medeltiden. Dessa två förgreningar kunde med tiden enas under The United Grand Lodge of England.
Denna acceptans av män med olika trosbekännelser spred sig efterhand genom Europa. Eftersom frimureriet fortfarande vilade på religiösa grunder låg alltid en Bibel eller en annan helig skrift uppslagen när logerna var öppnade, och ytterligare en splittring skulle därför ske 1877, när den Franska Stororienten fattade beslutet att istället lägga upp storlogens stadgar. De beslutade också att öppna upp medlemskap i logen för ateister, och även tillåta politisk diskusson under mötena, något som inte varit tillåtet dittills. I och med detta bröt många av storlogerna världen runt med Franska Stororienten, men andra följde efter och införde samma ändringar. Denna typ av frimureri kallas numera adogmatiskt frimureri, och har bland annat utmärkt sig genom historien för antiklerikalism. Detta har gjort att den katolska kyrkan motsatt sig all form av frimureri, både adogmatiskt och regelmässigt.
Frimureriet i alla dess former har i alla fall kommit långt från sina rötter, som bestod i mureri och byggnadskonst. På det sättet kan dagens hantverkare och fastighetsägare sägas vara närmare frimurarnas ursprung än frimurarorden själv, när de planerar renoveringar, beställer material och badrumsinredning och utför arbetet.